مطابق با  قانون مالیات های مستقیم و با رعایت شرایط، موسسات خیریه و عام المنفعه کشور از پرداخت مالیات معاف هستند. به بیان دیگر، کمک به این موسسات به عنوان هزینه قابل قبول مالیاتی محسوب شده  و از درآمد مشمول مالیات مؤدی قابل کسر خواهد بود.

کمک های نقدی به نهادهای مردمی(غیر دولتی) که به صورت نقدی و غیرنقدی صورت می گیرد به عنوان هزینه های قابل قبول محسوب می شود اما لازم است هنگام اعطای کمک، به نام و عنوان موسسه و مجوز آن از سازمان های ذیربط توجه شود تا این هزینه مورد قبول اداره مالیاتی قرار بگیرد.

طبق ماده 172 قانون مالیات های مستقیم، کمک های بلاعوض به عنوان هزینه قابل قبول پذیرفته شده و از درآمد مشمول مالیات مؤدی کسر می شود. بدین ترتیب تمامی اشخاص اعم از حقیقی و حقوقی که به موسسات خیریه واجد شرایط کمک می نمایند مشمول این معافیت می گردند.

کمک هایی که مشمول معافیت مالیات می شوند

الف) کمک به حساب های تعیین شده از سوی دولت

کل مبالغی که از سوی اشخاص به صورت بلاعوض به این حساب های تعیین شده از سوی دولت واریز می شود تا در جهت بازسازی یا کمک از آن ها استفاده شود، به عنوان هزینه های قابل قبول مالیاتی در نظر گرفته می شود این کمک ها مواردی چون کمک های مردمی در مواقع بحران های مقطعی چون سیل و زلزله و سایر بلایا و حوادث را در بر می گیرد.

ب) کمک های نقدی و غیرنقدی به مراکز دولتی

مبالغی که اشخاص اعم از حقیقی یا حقوقی به صورت بلاعوض جهت موارد زیر واریز می کنند از جمله هزینه های قابل قبول سازمان امور مالیاتی است. بودجه این مراکز توسط دولت تامین می شود.

تجهیز، تعمیر، احداث و تکمیل مواردی چون:

•  مدارس
• آسایشگاه ها
• دانشگاه ها
• مراکز بهزیستی
• کمیته امداد
• جمعیت هلال احمر
• کتابخانه ها و مراکز فرهنگی و هنری دولتی
• مراکز آموزش عالی 
• مراکز بهداشتی و درمانی
• اردوگاه های تربیتی

این معافیت مالیاتی به فراخور سازمانی، طبق ضوابط  وزارت آموزش و پرورش، فرهنگ و آموزش عالی، بهداشت، درمان و آموزش پزشکی، و امور اقتصاد و دارایی صورت می گیرد و تامین بودجه دولت برای این مراکز دولتی شرط اساسی این معافیت مالیاتی است.

شرایط لازم برای قابل قبول بودن کمک به نهادهای غیردولتی

از آن جا که کمک به مراکز غیردولتی به عنوان هزینه های قابل قبول در نظر گرفته شده و باعث کاهش درآمد دولت می گردد، طبق بخشنامه های مالیاتی، هر کمکی به عنوان هزینه های قابل قبول محسوب نشده بلکه شرایطی برای آن در نظر گرفته می شود.

• طی بخشنامه ها متعدد نهادهایی که کمک به آن ها به عنوان هزینه قابل قبول پذیرفته می شود معرفی می شوند این معافیت تنها شامل این نهادهای اعلامی است
• کمک های نقدی حداکثر تا 20 درصد درآمد مشمول مالیات پذیرفته می شود و نه بیشتر. به طور مثال اگر مؤدی به اندازه 30 درصد درآمد مشمول مالیات خود، به این مراکز کمک نقدی کند تنها به اندازه 20 درصد این درآمد به عنوان هزینه قابل قبول در نظر گرفته می شود و نه بیشتر.
• این محدودیت ها در مورد کمک به نهادهای دولتی وجود ندارد و حتی تا 100 درصد درآمد مشمول مالیات اشخاص را پوشش می دهد.

برخی از شرایط لازم برای موسسات خیریه و عام المنفعه جهت برخورداری از مزایای ماده 172 مالیات های مستقیم 

با توجه به آثار و نتایج اجتماعی و اقتصادی معافیت مالیاتی این موسسات، لازم است که نظارت های دقیق و شفافی از سوی سازمان مالیاتی کشور بر این موسسات اعمال شود

1.  موسسه تحت یکی از عناوین “خیریه” و “عام المنفعه” به ثبت رسیده باشد.
2. “غیرانتفاعی بودن” در اساسنامه موسسه تصریح شده باشد.
3.  طبق اساسنامه موسسه، کمک های نقدی و غیرنقدی به مصرف امور فوق رسیده باشد و از سوی سازمان امور مالیاتی مورد تایید قرار بگیرد.
4. اساسنامه موسسه باید حق هیچ گونه برداشت یا تخصیص از محل کمک ها و هدایای نقدی و غیر نقدی را نداشته باشند
5. اساسنامه باید متضمن این موضوع باشد که هیئت امناء و مدیران موسسه حق معامله با موسسه را ندارند.
6. موسسات خیریه و عام المنفعه موظف هستند صورتحساب و هزینه سالانه را به صورت مستند حداکثر تا 4 ماه پس از پایان سال مالی موسسه به مرجع ناظر مربوطه تسلیم نمایند
7. این موسسات مکلف به انجام مقررات آیین نامه اجرایی از جمله تسلیم به موقع اظهارنامه و ترازنامه هستند.

عدم رعایت شرایط فوق از سوی موسسات غیرانتفاعی و عام المنفعه سبب لغو معافیت مالیاتی می شود.

فهرست موسسات خیریه غیر دولتی که مشمول معافیت مالیاتی هستند به این شرح است:

1. انجمن حمایت از بیماران کلیوی
2. بنیاد امور بیماری های خاص
3. موسسه خیریه حمایت از کودکان مبتلا به سرطان( محک)
4. آسایشگاه کهریزک
5. پژوهشکده رویان
6. کانون بهبود و پرورش هموفیلیان ایران
7. انجمن امداد به بیماران سرطانی ایران
8. انجمن امداد ایران
9. انجمن حمایت از بیماران سرطانی یزد
10. موسسه خیریه غیردولتی یاوران مهدی موعود(وابسته به دانشگاه علوم پزشکی)
11. موسسه تحقیقات و پیشگیری سرطان
12. انجمن خیریه حمایت از بیماران سرطان آذربایجان غربی
13. موسسه بنیاد خیریه روشنای امید ایرانیان
14. ستاد دیه کشور(ستاد مردمی رسیدگی به امور و کمک به زندانیان نیازمند)